Меджлис крымскотатарского народа 29 марта подал жалобу в Европейский суд по правам человека в связи запретом российскими властями его деятельности и включением его в список экстремистских организаций.
В жалобе в ЕСПЧ представители Меджлиса указали на то, что включение его в список экстремистских организаций и прекращение его деятельности нарушают статью 11 (свобода собраний и объединений) Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод. Кроме того, организацию запретили, а ее членов преследуют в связи с их политической позицией, что является нарушением статьи 18 (пределы использования ограничений в отношении прав). Меджлис также пожаловался, что российские суды не признают его статуса как представительного органа коренного крымского народа, тем самым нарушая статью 14 (запрет дискриминации). Члены Меджлиса также утверждают, что были лишены права на справедливое судебное разбирательство (статья 6) и что они не могли предположить, что их деятельность станет нарушать анти-экстремистское законодательство (статья 7 — наказание исключительно на основании закона).
Интересы Меджлиса в ЕСПЧ представляют Правозащитный центр «Мемориал», Европейский центр защиты прав человека и Украинская Хельсинкская группа за права человека.
В феврале 2016 года прокурор Республики Крым подал заявление в суд о признании Меджлиса экстремистской организацией. 26 апреля 2016 года Меджлис был признан экстремистской организацией и запрещен решением Верховного суда Крыма. Верховный суд России 29 сентября отклонил апелляционную жалобу на это решение.
