В 2014 году правозащитный центр «Мемориал» признали НКО, выполняющей функции «иностранного агента», а в 2016 году в реестр добавили и Международное общество «Мемориал». Из-за этого обе организации регулярно сталкивались с давлением; суды назначали им миллионные штрафы.
11 ноября 2021 года Генпрокуратура направила в Верховный суд иск о ликвидации «Международного Мемориала» — «за систематические нарушения законодательства об „иностранных агентах“». На следующий день московская прокуратура направила аналогичный иск против ПЦ «Мемориал» в Мосгорсуд. В последнем иске силовики также заявляли, что усмотрели в материалах центра «признаки оправдания экстремизма и терроризма». В конце декабря суды постановили ликвидировать обе организации. В марте 2022 года ЕСПЧ попросил Россию отсрочить ликвидацию Международного общества «Мемориал», однако решение оставили в силе.
ОВД-Инфо выпустил подкаст «Ликвидация» о том, как работали «Мемориалы» до ликвидации, значении этих организаций и давлении на них со стороны государства.
Весной 2023 года стало известно, что против «Мемориала» возбудили уголовное дело по статье о реабилитации нацизма (п. «в» ч. 2 ст. 354.1 УК). Поводом стали кейсы трех людей, которых организация включила в «Базу жертв политического террора СССР». 21 марта у нескольких сотрудников прошли обыски в связи с этим делом. В тот же день стало известно, что СК завел уголовное дело на председателя правления организации Олега Орлова — по статье о дискредитации армии (ч. 1 ст. 280.3 УК).
Спустя несколько месяцев, у правозащитников и членов пермского «Мемориала» прошли массовые обыски в рамках дела о покушении на контрабанду культурных ценностей (п. «в» ч. 2 ст. 226.1 УК с применением ч. 3 ст. 30 УК). ФСБ утверждает, что правозащитники пытались «вывезти из России в Германию документы „Мемориала“, которые представляют культурную и историческую ценность». Обвиняемыми по делу в настоящее время проходят экс-глава пермского «Мемориала» Роберт Латыпов и председатель «Центра исторической памяти» Александр Чернышов.
