Навальному стало плохо утром 20 августа в самолете, летевшем из Томска в Москву. Его высадили в Омске и доставили в местную больницу скорой помощи. Близкие и родственники уверены, что это отравление, однако врачи больницы заявили, что признаков отравления нет. С 20 августа он находился в коме. К нему не сразу пустили жену Юлию. По словам Ярмыш и соратников Навального, на территории больницы находились оперативники в штатском.
Отправке Навального в берлинскую клинику Charité, о которой просили родственники, предшествовал долгий процесс переговоров с участием специально прибывших в Омск 21 августа немецких врачей-реаниматологов. Поначалу врачи омской больницы вопреки требованиям родственников отказывались отпустить Навального в Германию, объясняя это тем, что у них есть все необходимые для его лечения условия. Немецкие врачи 24 августа сообщили, что нашли ядовитое вещество в организме политика. 7 сентября стало известно, что Навального вывели из искусственной комы, он стал реагировать на обращения к нему.
В декабре вышло расследование группы журналистов изданий Bellingcat, The Insider и CNN при участии Der Spiegel и основанного Навальным Фонда борьбы с коррупцией. Расследователи выяснили, что за Навальным с 2017 года следила группа сотрудников ФСБ с медицинским образованием, а также что силовики как минимум трижды пытались отравить Навального нервно-паралитическим веществом из группы «Новичок».
Следственный комитет отказался проверять действия сотрудников ФСБ, которых Навальный обвинил в отравлении. При этом вскоре стало известно, что против политика возбудили новое уголовное дело — о мошенничестве в особо крупном размере за якобы нецелевое использование 356 миллионов рублей пожертвований сторонников ФБК.
В январе ФСИН обратилась в суд с заявлением о необходимости заменить Навальному условный срок по делу «Ив Роше» на реальный, обвинив его в несоблюдении условий испытательного срока. Сразу после этого Навальный объявил, что возвращается в Россию. В день его прилета, 17 января, людей, пришедших встречать политика, задерживали в аэропорту Внуково. Самолет с Навальным на борту приземлился в другом аэропорту — Шереметьево, политика задержали при прохождении паспортного контроля. На следующий день суд, проводивший заседание в здании отдела полиции в Химках, отправил Навального под стражу на месяц.
Сторонники политика в разных городах выходят на акции в его поддержку.