5 июля сотрудники ФСБ явились на «Эхо Москвы» в рамках расследования уголовного дела о публикации на сайте радиостанции статьи Андрея Пионтковского, якобы призывающей к нарушению территориальной целостности России и разжигающей ненависть и вражду по признаку национальности. Сначала об этом написал главный редактор «Эха Москвы» Алексей Венедиктов, а потом более точная информация появилась и на официальном сайте ФСБ.
ФСБ изымает переписку редакции сайта с Андреем Пионтковским, вызывает главного редактора сайта на допрос #эхобудни
— Алексей Венедиктов (@aavst) July 5, 2016
В январе 2016 года на сайте «Эха Москвы» была размешен текст Пионтковского «Бомба, готовая взорваться», в котором он рассуждал о необходимости отделения Чеченской Республики от России и предоставлении ей независимости. Сразу после того, как текстом заинтересовались правоохранительные органы, Пионтковский покинул страну.
Была изъята служебная переписка сотрудников радиостанции, касающаяся публикации, нескольких из них вызвали на допрос.
28 января информационное агентство «РИА Новости» сообщало, что депутат Государственной Думы Ирина Яровая послала в Генеральную прокуратуру запрос о проверке статьи Пионтковского на предмет экстремизма.